Ein vollständiges Verzeichnis der Publikationen befindet sich hier. Eine Auswahl mit einem Buch und drei Aufsätzen sieht wie folgt aus.

• Lenhard, J. (2015). Mit allem rechnen – zur Philosophie der Computersimulation, Berlin: de Gruyter.
  Charakterisiert Simulationsmodellierung als einen neuen Typ mathematischer Modellierung. Das Buch stützt sich (auch) auf historische Fallstudien und identifiziert Experimentieren, Visualisierung, Plastizität und Opazität als wichtige Konzepte, um darüber nachzudenken, was Simulationen kennzeichnet.
• Lenhard, J. and H. Hasse (2023). "Traveling with TARDIS. Parameterization and transferability in molecular modeling and simulation." Synthese 201(129). doi.org/10.1007/s11229-023-04116-3.
  Dieser Aufsatz stellt eine gemeinsame Arbeit aus Philosophie und Ingenieurwissenschaft vor.
• Lenhard, J. (2022). "A Transformation of Bayesian Statistics: Computation, Prediction, and Rationality", Studies in History and Philosophy of Science, 92, pp. 144-151.
  Stellt eine These darüber auf, wie der Gebrach von Computerwerkzeugen den Begriff der Rationalität verschiebt, der der (Bayesschen) Philosophie der Statistik zugrunde liegt.
• Lenhard, J. (2018). "Holism or the Erosion of Modularity. A Methodological Challenge for Validation", Philosophy of Science, 85, pp. 832-844.
  Argumentiert entlang zweier Beispiele, dass die Methodologie der Simulationsmodellierung systematisch dazu führt, die Bemühungen um Validierung zu erschweren.